中古遺伝子解析装置（シークエンサー）の在庫・価格

遺伝子解析装置（シークエンサー）は、DNAやRNA（逆転写したcDNA）の塩基配列を決める装置である。方式は大きく三つに分けられる。一つ目は、蛍光標識したジデオキシヌクレオチドで伸長を止めた断片をキャピラリー電気泳動で分けるサンガー法の装置。二つ目は、数千万本以上の短い断片を同時に読む次世代シークエンサー（NGS、ショートリード型）。三つ目は、増幅をせずにDNA1分子を長く読むロングリード型である。研究室や中古市場でよく見かけるベンチトップ型のNGSは二つ目に当たる。
ショートリード型の代表的な仕組みは、ブリッジPCRと合成によるシークエンシング（SBS）を組み合わせたものである。まずゲノムDNAなどを数百塩基程度に断片化し、両端にアダプター配列を付けてライブラリを作る。これをフローセルに流すと、表面に高い密度で固定されたプライマーにアダプターが結合し、断片は橋を架けたような形で増幅される。その結果、同じ配列が千コピー前後集まったクラスターができる。次に、蛍光色素と外せる伸長停止基を付けた4種のヌクレオチドを加え、1塩基だけ取り込ませて画像を撮る。色素と停止基を切り離したら次のサイクルへ進み、これを繰り返して各クラスターの配列を1サイクル1塩基ずつ読む。断片の片側だけを読むシングルリードと、両端から読むペアエンドを選べる。
性能はおもにリード長、出力量、リード数、品質スコア、ラン時間で比べる。ベンチトップ機の典型的な範囲は、リード長が1×36塩基から2×300塩基程度、1ランの出力が数百Mbから十数Gb、フィルター通過リード数が1千万〜5千万本程度である。ラン時間は短いリードで4〜6時間程度、2×300塩基では2日以上かかる。精度はQ30（誤り率0.1%）を超える塩基の割合で表す。短いリードでは90%以上、2×250〜300塩基では70〜75%以上が目安となる。サイクルを重ねるほど品質が下がりやすい点は、この方式に共通する性質である。大型の据置機は出力がはるかに大きく、ヒト全ゲノムを多検体で解析するときなどに使われる。
用途は幅広い。細菌やウイルスなど小さなゲノムの新規解読や再解読、16S rRNA遺伝子のアンプリコンによる菌叢解析、がん関連遺伝子パネルなどの標的領域解析、RNA-seqによる発現解析が代表例である。大型機で本番を流す前にライブラリの出来を確かめる試験ランにも使われる。サンプルごとにインデックス配列を付ければ、複数の検体を1ランにまとめて流せる。一方、サンガー法は1反応で500〜1000塩基程度を高い精度で読めるため、変異の確認やクローンの配列確認に今も使われている。ロングリード型は数十kb以上を続けて読めるので、反復配列や構造変異の解析、メチル化の直接検出に向いている。
導入と運用では、本体価格よりも試薬キットやフローセルの費用が大きく効く。さらに、ライブラリ調製の機器、核酸の定量・品質評価の装置、解析用の計算資源といった周辺環境も、総コストと結果を左右する。中古機の場合は、対応する試薬キットと制御ソフトの供給・サポートが続いているか、光学系や流路の状態、PhiXなどの標準ライブラリで動作を確かめた記録があるかを確認したい。設置条件は室温22±3℃前後、結露しない湿度が一般的である。ベンチトップ機でも本体は60kg近くになることがあるため、作業台の耐荷重にも注意が必要である。